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1999年，坠落地球的巨大陨石夺去了整个海洋。与此同时，地球外生物WORM亦开始在世界各地繁殖。为了对抗在一瞬间支配了广泛地区的WORM，人类成立了对WORM组织ZECT。ZECT开发出幪面超人系统，投入战场与WORM展开激战，时间就在这场战争中渡过了七年。
2006年，在这个沙漠化的地球上，部分ZECT的成员因为不满组织的束缚而结成独立团体NEO ZECT，而ZECT亦开始对这群背叛者进行肃清。就在这时，天道总司，即是假面骑士KABUTO的出现，令战局产生极大变化。
ZECT总部得到一颗巨型冰块彗星正在接近地球，于是提出「天空之梯子计划」，于大气层的太空站设置巨型CLOCK UP机器，制造转移空间把彗星拉往地球，制造出莫大的水源。透过这个计划，ZECT的权力就会越趋庞大，足以支配地球。
ZECT利用连接地球和宇宙的轨道电梯发动「天空之梯子计划」，而从天道手上得知这项情报的NEO ZECT，亦决定抢夺这个计划，压抑ZECT继续增大权力。
为了组织而战的ZECT战士大和铁骑与矢车想；
为了自由而战的NEO ZECT战士织田秀成和风间大介；
为了最爱的日和而战的加贺美新，还有目的完全不明的天道总司；
以及身份神秘的黄金假面骑士。
在各人思想交错的漩涡中，假面骑士的战斗已延伸到浩瀚宇宙…